Hei,

Velkommen til den første numeriske øvelsen i BIO101 - Organismebiologi. Som en del av labkurset i BIO101 skal du få levert et enkelt datasett som består av reelle observasjoner hentet fra tidligere labkurs i mikrobiologi. Dette datasettet skal du bruke for å lære deg å:

  • behandle ekte data,
  • utføre enkle statistiske beregninger,
  • lage en tabell,
  • tegne en plot,
  • sette alt sammen til en fullstending rapport.

Øvelsen skal utføres i R/RStudio. Vi på bioST@TS har utviklet denne siden for å hjelpe deg med å komme i gang med R/RStudio og å løse de numeriske oppgavene i denne øvelsen.

1 Om R/RStudio

1.1 Litt om R

R er både et programmeringsspråk og en programvare for statistiske beregninger og grafikk. R er et kraftig og fleksibelt verktøy som gjør jobben med data analyse enkelt og produktivt.

I motsetning til de fleste programvarene som du kjenner bruker R/RStudio kommandoer for å utføre oppgaver. Det betyr at du skal skrive kode for å håndtere data og for å lage tabeller og plotter.

Ved hjelp av denne siden skal du lære å bruke språket R for å skrive enkle “setninger” som transformere data til tabeller og figurer som skal brukes i din rapport.

1.2 Et alternativt grensesnitt

R kommer med sitt eget grafiske grensesnitt som gjenkjennes som minimalistisk, med begrenset funksjonalitet, få knapper og få menyer. Dermed installerer de fleste en alternativt grensesnitt som fortsatt kjører R, men som virker mer produktivt og brukervennlig. Det finnes flere sånne programvarer. Den som vi anbefaler og viser til heter RStudio.

Merk at RStudio brukes i kombinasjon med R, ikke istedenfor R. Derfor kommer du til å installere begge på din maskin (se seksjon 2.1). RStudio tar over R sitt grensesnitt, men alle beregninger utføres av R “i bakgrunnen”. Dette forklarer hvorfor du skal ofte lese “R/RStudio” på denne siden.

1.3 Hvorfor jobber vi i R/RStudio?

Det finnes mange fordeler med å ta R/RStudio i bruk:

  • Først og fremst er R fri og open-source, og kan installeres den på de fleste maskinene (Windows, Mac, Linux, osv).
  • R kan utføre veldig enkle numeriske oppgaver (for eksempel kan R brukes som en helt vanlig kalkulator og regne ut 2+2, (2+3)*4, logaritme (log(42)), eller kvadratrot (sqrt(42)), samt veldig avanserte statistiske analyser (f. eks. for å bygge data modeller basert på millioner av observasjoner).
  • R er i konstant utvikling; det kan nedlastes utvidelser (som kalles for “R-pakker” eller “R-packages”) som utvider funksjonalitetene.
  • R brukes av mange i akademia, og spesielt i biologi. Dermed finnes det garantert noen i nærheten av deg som kan hjelpe til når du er i trøbbel.
  • Fordi R brukes av mange i hele verden og i mange discipliner, finnes det et stort sammfunn online som kan hjelpe deg (det forumet Stack Overflow er godt kjent blant R-brukere)

1.4 R/RStudio i biologiemner

Det er ikke bare BIO101 som tar bruk av R/RStudio. Flere emner i bachelorprogrammet bruker det òg, f. eks. BIO102, BIO104, STAT101 og BIO201. I tillegg blir R/RStudio sentralt i de obligatoriske emnene BIO300A og BIO300B i masterprogrammet.
Derfor er det lurt å bli kjent med R så fort som mulig.

1.5 Få hjelp med R/RStudio

Det finnes mange steder der du kan finne hjelp og informasjon om R/RStudio:

  • vår nettside bioST@TS har en dedikert seksjon hvor du skal lære mye om både R/RStudio og statistikk.
  • de oraklene på biORAKEL er kjent med R/RStudio og tilbyr deg hjelp når du trenger det.
  • codeRclub er et møtested for de som lærer eller jobber med R/RStudio. Alle er velkommen og kan søke hjelp hos oss. Vi møtes på fredager fra kl.14:00 til 16:00 på Tunet (4. etasje på biologen, bygg A, Thormøhlensgate 53A, UiB) og på Zoom (ta kontakt med Richard Telford for å få lenken). Kom på besøk om du er i trøbbel eller lurer på noe.
  • på nettet finner du mange fora der du får løsning på problemene dine. Ofte er det “bare” å google. Mange spørsmål stilles på Stack Overflow, og mange gode svar finnes der òg.

2 Kom i gang med øvelsen

Nå er det på tid å starte jobben. Først skal du installere R og RStudio, og hente de filene som vi skal jobbe med. Deretter skal vi åpne “prosjektet” og bli kjent med grensesnittet til RStudio.

2.1 Installer R og RStudio

Programvarene kan du laste ned R direkte fra nettsiden til The Comprehensive R Archive Network og RStudio fra RStudio sin nettside. Pass på at du velger den versjonen som passer din maskin (Windows, MacOS, Linux, etc).

2.2 Last ned filene

Nå skal vi hente de filene som du trenger til øvelsen. Klikk på denne lenken for å laste ned filen Bio101_tutorial-main.zip. Åpne denne filen og ekstraher den hele mappen på harddisken din. Velg et lurt sted, f.eks .\Mine dokumenter\BIO101\ eller lignende.

2.3 Første steg i RStudio

Mest av tiden kommer du til å starte R/RStudio ved å åpne et prosjekt. Et prosjekt består av en mappe som inneholder en .Rproj-fil og eventuelt andre filer (data filer, skript, osv). I denne øvelsen heter filen Bio101_tutorial.Rproj. Når du dobbelklikker på filen, så åpnes den direkte i RStudio. Da får du se dette grensesnittet (Figur 2.1):