Hei,
Velkommen til den første numeriske øvelsen i BIO101 - Organismebiologi. Som en del av labkurset i BIO101 skal du få levert et enkelt datasett som består av reelle observasjoner hentet fra tidligere labkurs i mikrobiologi. Dette datasettet skal du bruke for å lære deg å:
Øvelsen skal utføres i R/RStudio. Vi på bioST@TS har utviklet denne siden for å hjelpe deg med å komme i gang med R/RStudio og å løse de numeriske oppgavene i denne øvelsen.
R er både et programmeringsspråk og en programvare for statistiske beregninger og grafikk. R er et kraftig og fleksibelt verktøy som gjør jobben med data analyse enkelt og produktivt.
I motsetning til de fleste programvarene som du kjenner bruker R/RStudio kommandoer for å utføre oppgaver. Det betyr at du skal skrive kode for å håndtere data og for å lage tabeller og plotter.
Ved hjelp av denne siden skal du lære å bruke språket R for å skrive enkle “setninger” som transformere data til tabeller og figurer som skal brukes i din rapport.
R kommer med sitt eget grafiske grensesnitt som gjenkjennes som minimalistisk, med begrenset funksjonalitet, få knapper og få menyer. Dermed installerer de fleste en alternativt grensesnitt som fortsatt kjører R, men som virker mer produktivt og brukervennlig. Det finnes flere sånne programvarer. Den som vi anbefaler og viser til heter RStudio.
Merk at RStudio brukes i kombinasjon med R, ikke istedenfor R. Derfor kommer du til å installere begge på din maskin (se seksjon 2.1). RStudio tar over R sitt grensesnitt, men alle beregninger utføres av R “i bakgrunnen”. Dette forklarer hvorfor du skal ofte lese “R/RStudio” på denne siden.
Det finnes mange fordeler med å ta R/RStudio i bruk:
2+2
, (2+3)*4
, logaritme (log(42)
), eller kvadratrot (sqrt(42)
), samt veldig avanserte statistiske analyser (f. eks. for å bygge data modeller basert på millioner av observasjoner).Det er ikke bare BIO101 som tar bruk av R/RStudio.
Flere emner i bachelorprogrammet bruker det òg, f. eks. BIO102, BIO104, STAT101 og BIO201.
I tillegg blir R/RStudio sentralt i de obligatoriske emnene BIO300A og BIO300B i masterprogrammet.
Derfor er det lurt å bli kjent med R så fort som mulig.
Det finnes mange steder der du kan finne hjelp og informasjon om R/RStudio:
Nå er det på tid å starte jobben. Først skal du installere R og RStudio, og hente de filene som vi skal jobbe med. Deretter skal vi åpne “prosjektet” og bli kjent med grensesnittet til RStudio.
Programvarene kan du laste ned R direkte fra nettsiden til The Comprehensive R Archive Network og RStudio fra RStudio sin nettside. Pass på at du velger den versjonen som passer din maskin (Windows, MacOS, Linux, etc).
Nå skal vi hente de filene som du trenger til øvelsen.
Klikk på denne lenken for å laste ned filen Bio101_tutorial-main.zip
.
Åpne denne filen og ekstraher den hele mappen på harddisken din.
Velg et lurt sted, f.eks .\Mine dokumenter\BIO101\
eller lignende.
Bio101_tutorial.Rproj
.
Når du dobbelklikker på filen, så åpnes den direkte i RStudio.
Da får du se dette grensesnittet (Figur 2.1):